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青海大學醫學院始建于1958年9月，1995年青海藏醫學院并入學院，2004年11月與青海大學整合組建新的青海大學，青海醫學院更名為青海大學醫學院。青海大學醫學院建院四十多年來，已經形成普通教育、成人教育、繼續醫學教育為一體的多層次、多形式的辦學格局，是一所具有鮮明地方、民族特色的醫科院校。
2012年，學院下設臨床醫學系、中醫學系、藏醫學系、公共衛生系、藥學系等五系20個本科專業或專業方向和基礎醫學部、公共學科部、高原醫學研究中心、現代教育技術中心、寄生蟲病研究所、圖書館、成人教育學院和附屬醫院。高原醫學、藏醫學、地方病學等特色專業在全國醫藥院校中享有較高聲譽，已成為西北地區一所具有高原區位優勢和民族特色的醫科院校。學院占地140畝，圖書館藏書19萬冊。《青海大學醫學院學報》面向國內外公開發行。
