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大部分的魚都是靠魚鰓呼吸的，當水流經過魚鰓的時候，鰓絲內的血管可以和水完成氣體交換，但是非洲的肺魚可以用魚鰾進行呼吸，使它在離水后也可以存活一段時間，魚類生活也需要氧氣，所以魚在水中利用口和鰓蓋交替開閉，使水不斷從鰓流過，鰓從水中攝取氧并向水中排出二氧化碳，因此，魚類是靠鰓呼吸的；
當魚吸水時，水中的氧氣就跟水一起從它們的嘴進去，當水經過魚鰓片時，水中的氧氣就滲到魚鰓的毛細血管里，但是魚鰓只能分離水中的氧氣，而不能分離出空氣中的氧氣，只有肺才能分離空氣中的氧氣；
所以魚在水中能呼吸自如，而在陸地上會窒息，還有一些魚可以靠皮膚呼吸，如彈涂魚可以用皮膚以及口腔黏膜呼吸，但在曬干前要重新回到水中。
