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1、創立基礎不一樣：黃教是藏傳佛教格魯派的俗稱，由宗喀巴大師以噶當派為基礎創立；紅教則是藏傳佛教寧瑪派的俗稱，寧瑪意為“古舊”，由蓮花生大士傳來而得名。
2、重視不一樣：黃教注重戒律，對顯宗密宗同樣重視；紅教尤其重視“伏藏”。
3、制度不完全一樣：黃教實行活佛轉世制度，最著名的像班禪大師、達賴喇嘛、帕巴拉活佛；紅教修行者紅衣紅帽，可以娶妻生子。
4、地位不一樣：黃教自明清之際直到民主改革前，一直是西藏地方的執政教派；紅教寺院分布散布四方，遠至西歐北美。
格魯派（黃教）是中國藏傳佛教宗派。藏語格魯意即善律，該派強調嚴守戒律，故名。該派僧人戴黃色僧帽，故又稱黃教。創教人宗喀巴，原為噶當派僧人，故該派又被稱為新噶當派。是藏傳佛教中最后出現的教派，因護法王固始汗推翻噶舉派藏巴汗而成為最大的一個教派。教法包容顯密二宗，強調先顯后密，循序漸進，學不躐等。其學經制度嚴密系統，考核升遷章法嚴密。
寧瑪派（紅教）是藏傳佛教四大傳承之一，相對于以后的其他三大傳承它是舊派。寧瑪一詞的意思為“古”或“舊”，寧瑪派即古派或舊宗派，是藏傳佛教各教派中歷史最悠久的一個教派。這一派別沒有寺院，組織渙散，也沒有系統的教義，更沒有完整的僧伽制度，以印派佛教為師，這一教派開始時是沒有名字的，直到后來其它一些教派產生，才由于它的特征而被稱為寧瑪派。
